Activités

J'ai obtenu mon doctorat le 8 Avril 2002, à l'Université de Marne-la-Vallée. Mes travaux concernent le domaine de la bio-informatique, et plus particulièrement le développement d'algorithmes et d'outils permettant de mettre en évidence des signaux particuliers dans des séquences génomiques.

Vous trouverez plus de détails sur ce sujet dans le manuscrit de thèse .

L'outil que nous avons développé, nommé SMILE, est disponible ici.
 

Publications

• Conférences internationales (comité de lecture)
  
  

  • N. Pisanti, A. Carvalho, L. Marsan, M.-F. Sagot
    RISOTTO: Fast extraction of motifs with mismatches
    Proceedings of Latin American Theoretical INformatics (LATIN), Springer LNCS 3887, pages 757-768, 2006.
    
    
  • L. Marsan and M.-F. Sagot
    Extracting structured motifs using a suffix tree - Algorithms and application to consensus identification
    in S. Minoru and R. Shamir (eds.), RECOMB'00, Tokyo, Japon, Proceedings of the Fourth Annual International Conference on Computational Molecular Biology, pages 210-219, ACM Press, 2000
    
    

• Revues internationales (comité de lecture)

  • S. Brouillet, T. Valère, E. Ollivier, L. Marsan, A. Vanet
    Co-lethality studied as an asset against viral drug escape: the HIV protease case
    Biology Direct 2010, 5:40

  • L. Marsan and M.-F. Sagot.
    Algorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification
    J. of Comput. Biol., 7:345-360, 2000.

  • A. Vanet, L. Marsan, and M.-F. Sagot.
    Promoter sequences and algorithmical methods for identifying them.
    Research in Microbiology 150: 779-799. 1999.

  • A. Vanet, L. Marsan, A. Labigne, and M.-F. Sagot.
    Inferring regulatory elements from a whole genome. An analysis of the sigma 80 family of promoter signals.
    J. Mol. Biol. 297(2): 335-353, 2000.

  • D. Arquès, J.-P. Fallot, L. Marsan and C. Michel.
    An evolutionary analytical model of a complementary circular code.
    Biosystems 49(2): 83-103, 1999.
    

• Posters

• A. Vanet, E. Ollivier, L. Marsan and S. Brouillet.
  HIV database.
  JOBIM'05, Lyon, France, 2005.

• S. Brouillet, E. Ollivier, L. Marsan and A. Vanet.
  HIV : from structure to therapeutic target.
  JOBIM'05, Lyon, France, 2005.

• E. Ollivier , S. Brouillet, L. Marsan and A. Vanet.
  HIV : a medicine for one day, a medicine forever.
  JOBIM'05, Lyon, France, 2005.

• L. Marsan, S. Brouillet, E. Ollivier and A. Vanet.
  HIV : towards stable multi-therapies.
  JOBIM'05, Lyon, France, 2005.

  
  
• Brevets

  • A. Vanet, S. Brouillet, E. Ollivier and L. Marsan (2006).
    Nouvelle méthode statistique et résultats bioinformatiques pour l'identification de sites de fixation de médicaments contre les virus à haut taux de mutabilité.
    En cours.

  • A. Vanet, S. Brouillet, L. Marsan and E. Ollivier (2006).
    Continuation In Part (CIP) n°13052-US-02 du brevet n° 10/734023 (CNRS, 2006)
    Method for identifying motifs and/or combinations of motifs having a boolean state of predetermined mutation in a set of sequences and its applications
    


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